Les cités-vaisseaux sont des cités similaire à Atlantis. Véritable ville moderne avec des quatiers d'habitations répartis dans ces tours, ces cités sont également des vaisseaux spatial capable de voyage intergalactique.
Les Anciens en ont construit plusieurs dans la Voie Lactée et dans Pégase, dont la cité la plus connue est Atlantis, qui était leur capital et le dernier bastion contre les Wraiths.
Cependant il y a eu d'autres cités qui sont moins connus:
- Discenna, ( apparu dans un roman de stargate atlantis) est une cité qui était présente sur Dakara et dont les habitants travaillaient sur un remède au fléau qui avait touché les Anciens. Après avoir quitté la Voie Lactée en direction de Pégase, il y a eu une brèche de confinement et le virus c'est répendu dans toute la cité l'obligeant à s'arréter dans le vide spatial. Voyant qu'ils en réchapperaient pas et pour éviter toute autres contagion, les Anciens laissèrent un message d'avertissement sous forme d'hologramme avant de ventiler l'atmosphère de toute la cité. Aujourd'hui la cité est à la dérive.
- Admah, ( apparu dans un roman de stargate atlantis) est une cité qui existait dans la galaxie de Pégase sur la lune connu sous le nom de MC4-502. Cette cité était autrefois très réputés des Anciens, car elle était la destination préférée des voyageurs en congés ou des dignitaire en visite car les habitants proposés toute sorte de jeux de divertissement. Mais avec le temps les habitants d'Admah ont commencé à devenir décadent, proposant des jeux de plus en plus dangereux, comme des combats dans une arène. C'est alors qu'ils coupèrent tout contact avec Atlantis et le monde extérrieur. En 2009, l'expédition d'Atlantis découvrant que la lune avait quitté son orbite, se rendit sur la cité et fut retrouvée piégé des jeux des Anciens toujours présent.Finalement l'équipe de Sheppard réussie à s'échapper et la cité d'Admah plongea dans son soleil.
- La cité du seigneur protecteur , est une cité qui a été construite il y a des milliers d'année dans la galaxie de Pégase mais qui fut abandonnée par ces derniers au cours de la guerre contre les Wraiths, qui sont à l'origine de la destruction de plusieurs tours de la cité, laissant seul la tour principal visible. Le reste de la cité étant enfouie sous terre comme par exemple la salle de controle auxiliaire et la salle de stockage des drones. Mais avant d'abandonner la cité, les Anciens apprirent à leurs déscendants à se servir du fauteuil pour tirer des drones si les Wraiths revenaient. Aujourd'hui ( voir comic SGA Gateway) ce qui reste de la cité n'est plus enterrer sous terre, suite à l'attaque des hybrides de Janus, apparu en saison 5 de stargate atlantis.
- La cité du groupe de Niam,
- Asuras, est également une cité construite par les replicateurs